Действие разворачивается в будущем, когда мир превратился в поле боя. Практически на каждом шагу встречаются свидетельства былых сражений, и однажды среди кучи металлического хлама доктор Идо обнаруживает останки девушки-киборга. Решив починить Алиту, талантливый ученый сумел добиться успеха, но результат превзошел ожидания. Алита оказалась совершенно удивительным существом, справедливым, чистым и светлым, к тому же она обладала уникальными боевыми навыками и обладала большим опытом ведения боя. Очарованный своим творением, доктор Идо буквально влюбился в очаровательного киборга и намерен помочь ей вспомнить все, что она забыла, чтобы больше узнать о той жуткой далекой войне.